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0番ステートの中にCtrl=1&&RoundState=2&&AIフラグでChangeState→AI用立ちステならフライング系の不具合はないかと。
ただ他のステートでも制御してないと、屈み攻撃後の屈み状態(11)から立ち上がり(12)中にジャンプとかはありそうですが。

Ctrl=0制御関係全般に言える事なんですが、
他のCtrl=1のステートもCtrl=0にするなりAI用ステートで制御するなりしないと完全制御できないので大変かと。
Ctrl=1全部をAI用に制御する場合Ctrlの代わりとなる記述をまとめる必要があったりします。
AI用ステートを500xx番とかの括りにしてStateNo=[50000,500xx]で纏めたり、Ctrlの代わりにVarで制御するとか。
Ctrl代わりの情報を使わない方法としてはAI用ステートの中で動作制御をするとかありますけど、その場合
Time!=0条件とかを入れておかないと終了フレームで次の動作を開始したり本来無理な動作をやらかす可能性が。
あとCtrlが戻ったりする動作ステートの中から動作制御するのは、記述が分散して調整が面倒です。
面倒なので完全制御にこだわらず基本的な挙動だけCtrl=0制御するのもありですけど。
不具合としてはCtrl=0制御の場合、試合が終わったらCtrlを戻してやらないと試合終了合図が遅れるとかあります。

あと半分相手のバグの話だけど、Ctrl=0制御だとMUGEN側のAIからのガードが出来なくなるはずなんで、
方向キー操作のガードでないとガードできない状態の攻撃（半分バグ）には一切無防備になってしまうはず。
自分側の不具合以外を上げると、Ctrl=0制御だと相手側のAIがEnemy,Ctrl=0で状況を誤認する場合がありそう。
相手が挑発中とか回避動作中とか溜め動作中とかに誤認し続けるみたいな。相手のミスな気もしますが。

色々と面倒なので自分は最低限勝手なジャンプをさせない程度でいいやと思ってます。

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なんかネガキャン混じりですね。
完璧に制御できればいいんですけど、出来ないと大変なんですってば。

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Time!=0条件〜の部分は「待機ステート」をはさめば大丈夫。
待機ステートから、TimeでAI用の挙動ステートへ行くという流れであれば本来無理な動作は抑制できる。
ただ立ち屈み云々のはまた別に必要そうだけど。