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基本的なことなんですが
方向キーでする基本動作の歩き(20)・屈み(10)・ジャンプ(40)・ガード(120)はMUGEN側で処理されてるんです。
それらはChangeState記述を書いてなくてもCtrl=1などの状態で方向キーを動せばそのステートへ行くので、
MUGEN側のAIを起動させている場合も(MUGENのAIから)方向キーが入力されればジャンプなどをします。
なのでAIがその記述をしていないのにジャンプするという現象が起きるわけです。
ちなみにsysvarのvarsetは前後ジャンプ指定の記述です。

ニュートラル状態からCtrl=0で処理させようとなると試合開始の認識などが若干面倒なので、
操作処理のジャンプの時(!Time&&Ctrl=1&&StateNo=40)に屈みステートなどへChangeStateしたり、
Ctrl=1のダッシュ中などだけCtrl=0で維持させるといった処理でそうしたジャンプを抑制する方法があります。
前者はAI記述の最後尾に書いて制御し、後者はステートにtype=ctrlset,value=0の処理を追加して
技側を(Ctrl || StateNo=***)という感じで条件制御させればいいかと。