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イントロを飛ばすとヘルパーやExplodなどが一度消えることを利用して
RoundState < 2で見えないよう(Scale=0,0)にExplodを出し
RoundState = 2にそのExplodがあるかを確認すればできるんじゃないかな。
ただNumExplod条件はID指定のないRemoveExplodで消えるのでRoundState=2で
NumExplodを確認してVarに記録し最後まで保持するのが確実かと。

■記述例
[State -3];Explod射出
Type = Explod
Trigger1 = RoundState < 2 && NumExplod(999) = 0 ;試合前,Explod無し
Anim = 0
ID = 999
Pos = -20,0
BindTime = -1
RemoveTime = -1
Scale = 0.5,0.5
SuperMoveType = 999999999
PauseMoveType = 999999999

[State -3];RoundState=2でExplodがあればVarset
Type=null
Trigger1 = RoundState = 2 && NumExplod(999) ;試合中,Explodあり
Trigger1 = Var(10) = 0;観終えたフラグ無し
Trigger1 = var(10):= 1;イントロを観終えたフラグ
Ignorehitpause = 1

[State -3];Explod消去(フラグを立てた後なので消しても問題ない。)
Type = RemoveExplod
Trigger1 = RoundState = 2
ID = 999